종부세 합산배제·과세특례 신고 9월 16~30일 — 놓치면 공제 12억이 9억으로
답부터 적으면 종부세 합산배제·과세특례 신고는 2026년 9월 16일(수)부터 30일(수)까지 홈택스·손택스 또는 관할 세무서 서면으로 합니다. 임대주택·사원용주택·주택신축용 토지를 과세 대상에서 빼는 것이 합산배제, 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택·부부 공동명의 1주택을 1세대 1주택자로 봐 달라는 것이 과세특례이고, 둘은 서식과 홈택스 메뉴가 다릅니다. 특례가 적용되면 기본공제가 9억 원에서 12억 원으로 올라가고 연령·보유기간 세액공제를 최대 80%까지 받아요. 지난해 합산배제 신고를 했고 소유권·전용면적·임대등록에 변동이 없으면 올해 다시 내지 않아도 계속 적용됩니다. 지식iN 질문 "종합부동산세 합산배제, 매년 다시 신청해야 하나요?"의 답이 이것이에요. 국세청은 예상 대상자 4만 8천 명에게 9월 9일부터 안내문을 보냈고(한국세정신문 9월 10일 보도), 2026년 9월 11일 기준 신고 시작까지 닷새 남았습니다.
합산배제와 과세특례, 9월에 신고할 사람은 누구인가요
올해 9월에 서류를 내야 하는 사람은 두 부류예요. 임대·사원용 주택이나 주택신축용 토지를 새로 갖게 됐거나 등록 내용이 바뀐 사람은 합산배제 신고, 일시적 2주택·상속·지방 저가주택·부부 공동명의로 1세대 1주택자 취급을 새로 받으려는 사람은 과세특례 신청입니다. 효과는 아래 표처럼 달라요.
| 구분 | 합산배제 | 과세특례 |
|---|---|---|
| 대상 | 임대주택, 사원용주택(기숙사·미분양·멸실예정 등), 주택신축용 토지(취득 5년 안 사업계획 승인) | 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택, 부부 공동명의 1주택, 소형 신축주택, 인구감소(관심)지역 주택, 준공 후 미분양, 무허가주택 부속토지 |
| 효과 | 해당 주택·토지를 과세 대상에서 제외 | 1세대 1주택자로 보아 기본공제 12억 원, 연령·보유기간 세액공제 최대 80% |
| 서식 | 임대(사원용)주택 합산배제(변동)신고서, 주택신축용 토지 합산배제(변동)신고서 | 과세특례 신청서(홈택스 '종합부동산세 각종 특례 신청') |
| 다시 내야 하나 | 최초 신고 뒤 변동 없으면 생략, 변동분만 신고 | 처음 받는 해에 신청, 뒤에 요건을 못 지키면 추가 납부 |
다시 신고해야 하는지는 국세청 안내에 답이 있습니다. "최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 … 변동이 없는 경우에는 별도의 신고 없이 계속 적용됨"이라고 적혀 있어요. 원문은 국세청 임대주택 합산배제에 있습니다. 판 주택이나 등록이 말소된 주택은 그 변동분만 이번 기간에 신고하면 돼요. 기한을 넘기면 그 주택이 합산 대상에 그대로 들어가 과세되고, 12월 1일~15일 정기고지에는 반영되지 않습니다.
과세특례 3종 요건 — 일시적 2주택 3년, 상속주택 5년, 지방 저가주택 4억
세 가지 특례는 요건이 하나씩이고, 어느 하나에 해당하면 그 주택을 빼고 1세대 1주택자로 봅니다. 그때 기본공제 12억 원과 연령·보유기간 세액공제 최대 80%가 붙어요. 9억과 12억, 공제 3억 원 차이가 신청서 한 장에 달려 있는 셈입니다. 요건은 택스워치 2026년 9월 10일 기사 기준이에요.
| 특례 | 요건 | 함께 볼 것 |
|---|---|---|
| 일시적 2주택 | 새 집 취득일부터 3년 안에 종전 주택 양도 | 3년 안에 못 팔면 특례가 깨져 추가 납부 |
| 상속주택 | 상속개시일부터 5년 미경과, 지분 40% 이하, 지분 공시가격 수도권 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하 | 셋 중 하나만 맞으면 됨 |
| 지방 저가주택 | 공시가격 4억 원 이하 1채, 수도권 밖(광역시·특별자치시는 군·읍·면) 또는 가평·연천·강화·옹진 | 2채부터는 해당 없음 |
일시적 2주택은 새 집을 산 날부터 3년이 시계예요. 그 안에 팔 종전 주택의 양도세는 양도세 계산기 쓰기 전에의 산식으로 미리 잡아 볼 수 있습니다. 상속주택은 5년·40%·6억 원 중 하나만 맞으면 되고, 상속세를 10년에 나눠 내는 길은 상속세 연부연납 신청 방법에 있어요.
종전 주택과 새 집의 공시가격을 합쳐 11억 원인 일시적 2주택자가 특례를 신청하면 12억 원 공제에 걸려 과세표준이 0, 종부세도 0원이에요. 신청을 놓쳐 2주택자로 계산되면 공제가 9억 원입니다. (11억 원 − 9억 원) × 공정시장가액비율 60% = 1억 2천만 원이 과세표준이 되고, 세율 0.5%를 곱하면 60만 원, 농어촌특별세 20%인 12만 원이 따로 붙어요. 이 60만 원은 재산세로 이미 낸 부분(중복분)을 빼기 전 값이라 실제 고지액의 상한 추정치이고, 확정 세액은 12월 고지서에서 정해집니다.
임대주택 합산배제 요건 — 공시가격 6억, 임대료 5%, 어기면 추징
임대주택은 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록이 9월 30일까지 둘 다 돼 있어야 하고, 유형별 공시가격·임대기간·임대료 증가율을 지켜야 과세 대상에서 빠집니다. 국세청은 "합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 봄"이라고 안내해요. 과세기준일인 6월 1일에 등록이 없었어도 30일까지 맞추면 올해분부터 인정된다는 뜻이에요.
| 유형 | 공시가격(과세기준일) | 호수·면적 | 임대기간 |
|---|---|---|---|
| 매입임대(공공·종전 민간) | 6억 원 이하(수도권 밖 3억 원) | 전국 1호 이상 | 5년 이상 |
| 건설임대(공공·종전 민간) | 9억 원 이하 | 시·도별 2호 이상, 전용 149㎡ 이하 | 5년 이상 |
| 장기일반·공공지원 민간임대 | 매입·건설 기준과 같음 | 매입·건설 기준과 같음 | 10년 이상 |
| 2025년 6월 4일 이후 등록 단기임대 | 건설 6억 원, 매입 4억 원(수도권 밖 2억 원) 이하 | — | 6년 이상 |
임대료 증가율 5% 이하는 모든 유형에 공통이고, 한 번 올렸으면 1년 안에 다시 올릴 수 없어요. 조정대상지역에서 2018년 9월 14일 이후 취득한 장기일반 매입임대는 대상에서 빠집니다. 임대료를 5% 넘게 올렸다면 요건을 어긴 것이라 "임대의무기간, 임대료증액제한 요건 등을 준수하지 못한 경우 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액 추징"이라는 국세청 문구가 그대로 적용돼요. 빠지는 데서 끝나지 않고 덜 낸 세금에 이자까지 붙어 돌아옵니다.
국세청 누리집의 '합산배제 및 과세특례 신고' 첫 화면에는 이 요건표가 없습니다. 2022년 사용자 매뉴얼 파일과 "07년 이후에 신고서를 제출한 납세자" 같은 옛 문구만 걸려 있고, 유형별 공시가격·기간 표는 왼쪽 하위 메뉴 임대주택 합산배제로 한 단계 더 들어가야 나와요.
홈택스 메뉴는 두 갈래 — 합산배제신고(제외신고)와 각종 특례 신청
홈택스에서 합산배제와 과세특례는 들어가는 메뉴가 다릅니다. 임대·사원용 주택과 주택신축용 토지는 세금신고 > 종합부동산세 > 합산배제신고(제외신고), 일시적 2주택·상속·지방 저가·부부 공동명의는 같은 자리의 종합부동산세 각종 특례 신청이에요. 과세특례를 합산배제 메뉴 안에서 찾으면 없습니다.
- 홈택스에 로그인합니다(공동·금융인증서, 간편인증). 로그인 전에는 메뉴 이름만 보이고 신고 화면이 열리지 않아요.
- 세금신고 > 종합부동산세에서 내 쪽을 고릅니다. 임대주택은 옆의 '임대주택 합산배제 진단'으로 요건을 먼저 보고, 부부 공동명의는 '종합부동산세 간이세액계산'으로 단독·공동 중 유리한 쪽을 본 뒤 신청해요.
- 서면은 관할 세무서에 냅니다. 임대주택 신고서는 공공임대 별지 1호, 민간임대 별지 2호 서식이고, 손택스 앱으로도 됩니다. 문의는 국세상담센터 126이에요.
이 기간에 낸 신고가 12월 고지서로 이어집니다. 국세청 안내 첫 화면은 "9월 16일부터 9월 30일까지 … 제출하여야 금년 정기부과고지(12월1일 ~ 12월15일)시 정확한 세액이 고지됩니다"라고 적고 있어요. 원문은 국세청 합산배제 및 과세특례 신고에 있습니다. 올해 9월 30일은 수요일이라 기한이 다음 날로 밀리지 않아요.
2026년 달라진 세 가지와 신고 뒤 12월 고지서에서 볼 것
올해 신고에 새로 반영된 것은 셋입니다. 부부 공동명의 1주택 특례는 지분율과 관계없이 납세의무자를 부부가 고를 수 있게 됐어요. 2026년 1월 1일 이후 취득한 인구감소지역 주택(수도권 4억 원·수도권 밖 9억 원 이하, 관심지역은 수도권 밖 4억 원 이하)은 세율을 적용할 때 주택 수에서 빠집니다. 임대사업자의 세무서 사업자등록 업종 요건은 없어졌습니다. 한국세정신문 2026년 9월 10일 법령 개정 정리 기준이에요.
신고를 마쳤다면 12월 1일부터 15일 사이에 오는 정기고지서에서 두 가지를 봅니다. 합산배제한 주택이 과세 대상에서 빠졌는지, 특례를 신청했다면 기본공제가 12억 원으로 잡혔는지예요. 세율과 납부기한은 고지서에 적힌 값이 기준이라 정확한 금액은 고지서나 홈택스에서 확인됩니다. 3년 안에 종전 주택을 못 팔거나 임대료를 5% 넘게 올리면 감면받은 세액에 이자상당가산액이 붙어 추징돼요.
지금 할 일은 셋이에요. 안내문을 받았다면 QR 코드로, 아니면 홈택스 → 세금신고 → 종합부동산세에서 합산배제신고(제외신고)와 각종 특례 신청 중 내 쪽을 골라 16일부터 넣습니다. 임대사업자는 30일까지 지자체 임대등록과 세무서 사업자등록이 둘 다 돼 있는지 봅니다. 부부 공동명의는 간이세액계산으로 유불리를 본 뒤 신청하면 돼요.
참고 자료: 국세청 임대주택 합산배제 · 국세청 합산배제 및 과세특례 신고 · 국세청 종합부동산세 개요 · 한국세정신문 2026.09.10 · 택스워치 2026.09.10
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